Desktop Tower Defense se juega en un mapa que se asemeja a un escritorio de oficina. El jugador debe evitar que un número determinado de enemigos, conocidos en el género como "creeps", lleguen a un punto establecido en el campo de juego. Esto se logra construyendo y mejorando torres que disparan, dañan y matan a los creeps enemigos antes de que puedan alcanzar su objetivo. A diferencia de muchos otros juegos de defensa de torres, el camino de los creeps no está preestablecido; en cambio, las torres construidas determinan el camino de los creeps, quienes toman la ruta más corta que pueden encontrar hacia la salida. El juego no permite al jugador hacer que una salida sea completamente inaccesible, pero las estrategias clave giran en torno a guiar a los creeps hacia pasillos largos y sinuosos.