Una joven maga está recolectando joyas para sus poderes mágicos en un bosque mágico oscuro y sombrío. Debe recolectar joyas mágicas que contienen elementos como fuego, tierra, agua y trueno. Debes ayudarla a recolectar estas joyas, pero solo tienes 100 movimientos para completar todos los objetivos. Con cada objetivo completado, ganarás un nivel y obtendrás más puntos. Jewel Mysteries es un juego fuertemente basado en las puntuaciones altas, con objetivos y movimientos limitados. Debes eliminar joyas haciendo clic en grupos de 3 o más joyas. Si haces un combo consecutivo de 7, entrarás en el modo BURST de joyas. En el modo BURST de joyas ganarás el doble de puntos.